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En la década de 1960, se criticó el funcionalismo por ser incapaz de dar cuenta de los cambios sociales, o por contradicciones estructurales y conflictos (y por lo tanto se lo llama frecuentemente "teoría de consenso").43 Además, se hace caso omiso de las desigualdades, entre ellas la raza, el género, la clase, la cual provoca tensiones y conflictos. Ya anteriormente, se ha expresado larefutación de la segunda crítica del funcionalismo, que es estática y no tiene un concepto de cambio, llegando a la conclusión de que si bien la teoría de Parsons permite el cambio, este es un proceso ordenado de cambio [Parsons, 1961:38], un equilibrio móvil. Por lo tanto hacer referencia a la teoría de la sociedad de Parsons como algo estático es inexacto. Es cierto que hace hincapié en el equilibrio yel mantenimiento o la rápida restauración del orden social, sino que se trata de un producto de la época en la que Parsons estaba escribiendo (post segunda Guerra Mundial, y el inicio de la guerra fría). La sociedad estaba en conmoción y abundaba el miedo. En se momento, era crucial el orden social, y esto se refleja en la tendencia de Parsons de promover el equilibrio y el orden social, más que elcambio social. Por lo tanto se hace referencia a la teoría de la sociedad de Parsons como estática es inexacta.
Por otra parte, Durkheim favoreció una forma radical de socialismo gremial junto con las explicaciones funcionalistas. Además, el Marxismo, al tiempo que reconoce las contradicciones sociales, sigue utilizando las explicaciones funcionalistas. La teoría evolutiva de Parsons describe lossistemas y subsistemas de diferenciación y reintegración y por lo tanto los conflictos, al menos temporales antes de la reintegración (ibid). "El hecho de que el análisis funcional pueda ser visto por algunos como algo inherentemente conservador y por otros como algo inherentemente radical sugiere que puede ser inherentemente ni lo uno ni lo otro." (Merton, 1957: 39)
Las críticas más fuertes sonla discusión epistemológica que el funcionalismo es tautológico, es decir que trata de explicar el desarrollo de las instituciones sociales exclusivamente mediante el recurso a los efectos que se atribuyen a ellas y, por lo tanto, explica circularmente los dos. Sin embargo, Parsons llamó directamente muchos conceptos de Durkheim en la creación de su teoría. Sin duda, Durkheim fue uno de losprimeros teóricos que explican un fenómeno con referencia a la función que sirve para la sociedad. Dijo, "la determinación de la función es... necesario para la explicación completa de los fenómenos" [citado en Coser, 1977:140]. Sin embargo Durkheim hizo una clara distinción entre el análisis histórico y el funcional, diciendo: "Cuando... se lleva a cabo la explicación de un fenómeno social, debemosbuscar por separado la causa eficiente que lo produce y la función que cumple" [citado en Coser, 1977:140]. Si Durkheim hace esta distinción, entonces es poco probable que Parsons no la haga. Sin embargo, Merton no establece explícitamente que el análisis funcional no trate de explicar por qué ocurrió la acción en el primer caso, pero sí por qué se continúa o se reproduce. Él dice que las "funcioneslatentes... van mucho a explicar la continuidad del patrón" [citado en Elster, 1990:130, énfasis añadido]. Por lo tanto, se puede argumentar que el funcionalismo no explica la causa original de un fenómeno con referencia a su efecto, y por lo tanto, no teleológico.
Otros críticos describen el argumento ontológico que la sociedad no puede tener "necesidades" como las un ser humano, e incluso si lasociedad tuviese necesidades, no serán necesaria. Anthony Giddens argumenta que todas las explicaciones funcionalistas se pueden reescribir como relatos históricos de las acciones humanas y las consecuencias individuales (véase Estructuración).
Otra crítica dirigida al funcionalismo es que no contiene sin sentido de agencia, que los individuos son vistos como títeres, que actúa según lo exige...