Secuenciacion del adn

IACION DEL ADNSecuenciación del DN
El método de secuenciación más generalmente usado consiste en una nueva reacción de PCR en la cual se utilizan nucleótidos especiales marcados con fluorescencia. Cada clase de nucleótido, Adenina (A), Timina (T), Citosina (C), Guanina(G), emite a una particular longitud de onda al pasar por un haz de láser; la señal emitida se recoge en un ordenador y seprocesa en forma de picos en un gráfico denominado electroferograma. Los picos del gráfico se corresponden con cada nucleótido, y así se obtiene la secuencia de los mismos.

Alineamiento y vanáisis de secuencias
La información generada por los secuenciadores automáticos se almacena generalmente en dos ficheros: uno de ellos es el gráfico o electroferograma y el otro contiene la secuencia, propiamentedicha, en formato de texto. Cuando la señal que recibe el secuenciador automático no está suficientemente clara, el aparato responde asignando una N (indeterminación) a la posición dudosa. De esta forma, tanto en las curvas del electroferograma, como en la secuencia dada, aparecerán 5 caracteres: N, A, G, T, C. Un electroferograma nítido presenta picos bien definidos, con poco ruido de fondo ycon pocas indeterminaciones). Comparando la secuencia y el gráfico recibidos del aparato automático se pueden resolver un buen número de indeterminaciones. Aún así suelen quedar otras que, de ser necesario, pueden ser resueltas mediante una segunda secuenciación.

Problemas en el alineamiento
El proceso de alineamiento consiste en generar una matriz de datos en el que las filas son las distintassecuencias a comparar y en las columnas se sitúan las posiciones homólogas de cada secuencia. El alineamiento sólo puede líevarse a cabo cuando las secuencias son suficientemente parecidas entre si, ya que ésta es la base que se utiliza para asumir homología entre dos posiciones. Los que pueden surgir en los procesos de alineamiento son debidos, por lo general, a la variabilidad (o grado demutación) que presente una secuencta con relación a la otra. Los cambios, o mutaciones puntuales, de un nucleótido por otro, no ofrecen dificultades para el alineamiento. Una mayor dificultad se presenta cuando la mutación es indel (inserción/deleción) ya que puede afectar a un solo nucleótido, o a más de 200, si hay intrones.
Algunos programas introducen guiones o huecos (gap») donde ocurren indels,para conseguir alinear las secuencias.

Análisis de secuencias para filogenia

La aplicación más inmediata del análisis molecular en el campo de los estudios de biodiversidad se orienta hacia problemas evolutivos de distinto tipo en particular al conocimiento de las relaciones filogenéticas y de parentesco; todo ello se encuadra actualmente bajo el concepto de evolución molecular.
Lasrelaciones moleculares y evolutivas entre los organismos se representan por lo general en árboles que no son más que modelos gráficos de la interpretación de las semejanzas y diferencias entre los caracteres. Para establecer relaciones evolutivas (de parentesco) es imprescindible que los caracteres manejados sean hereditarios. El uso en estudios evolutivos de los caracteres morfológicos, químicos, etc.,presenta dificultades que se derivan de la permanente duda de si el carácter es genético o es sólo fenético. En el caso que nos ocupa, los caracteres son las secuencias del DNA que, por definición, son genéticas. Además, las secuencias, están reflejando, en su variación, los cambios que se han producido en el organismo estudiado a lo largo de su historia; es decir, la filogenia del organismo. Elgrado de semejanza entre dos secuencias homólogas indica el grado de parentesco entre ellas. Dos secuencias son más semejantes entre si, cuantas menos mutaciones exhiban entre ellas.
Por eso se habla se secuencias variables y secuenctas conservadas. En los segmentos silenciosos del DNA, esto es, en aquellos segmentos que al no ser codificantes no se traducen la frecuencia de mutación es mucho...