PRA CTICA BIOINFORMA TICA

PRÁCTICA
 BIOINFORMÁTICA:
 BÚSQUEDA
 DE
 INFORMACIÓN
 EN
 
BASES
 DE
 DATOS
 MOLECULARES.
 
 

 
Álvaro
 Gómez
 Jáuregui
 
 
 
 


 


 


 


 DNI:44651258R
 


 
-­‐3.1.1
 
-­‐¿Cuántas
 referencias
 se
 encuentran
 si
 buscamos
 "colon
 cancer"
 directamente
 
en
 la
 sección
 de
 nucleótidos?
 

 
Si
 buscamos directamente
 nos
 encontraremos
 con
 48783
 secuencias.
 
 

 
-­‐¿Y
 si
 buscamos
 MLH1?
 

 
En
 esta
 ocasión
 contamos
 con
 68919
 resultados coincidentes.
 
 

 
-­‐¿Por
 qué
 obtienes
 tantas
 secuencias?
 

 
Básicamente
 estamos
 buscando
 en
 una
 base
 de
 datos
 que
 almacena
 información
 de
 secuencias
 de
 nucleótidos
 de
 cualquier
 organismo.
 Esto
 quiere
 decir
 que
 cualquier
 
coincidencia
 con
 “MLH1”
 se
 va
 a
 reflejar
 en
 nuestro
 campo de
 resultados
 sin
 otra
 
restricción.
 Evidentemente
 esto
 nos
 arroja
 una
 cantidad
 de
 información
 
desmesurada.
 
 

 
¿Cuántas
 referencias
 obtienes ahora?
 

 
Tras
 reducir
 la
 búsqueda
 gracias
 al
 buscador
 avanzado
 hemos
 obtenido
 ahora
 235
 
resultados.
 

 
¿Tiene
 algo
 que
 ver
 MLH1
 con
 la bacteria
 Escherichia
 coli?
 

 
MLH1
 es
 básicamente
 el
 homólogo
 humano
 del
 gen
 MutL,
 encargado
 de
 la
 
reparación
 de
 bases
 en
 la Escherichia
 coli.
 Podríamos
 decir
 que
 están
 muy
 
relacionados
 estos
 dos
 genes.
 
 

 
¿Podrías
 decir,
 una
 vez
 obtenida
 la
 ficha
 correspondiente, cuántos
 exones
 tiene
 
el
 gen
 MLH1
 humano
 ?
 

 
Trabajando
 con
 la
 ficha
 “Homo
 sapiens
 mutL
 homolog
 1
 (MLH1),
 transcript
 
variant
 7,...