Marcadores moleculares

UNIVERSIDAD AUTONOMA DE BAJA CALIFORNIA ESCUELA DE CIENCIAS DE LA SALUD

Biología Molecular

TEMA 5.1: MARCADORES MOLECULARES

Dra. Raquel Muñiz-Salazar ramusal@uabc.edu.mx

Marcador
Marcador •Carácter que permite diferenciar entre individuos, poblaciones y especies Marcador Genético •Un carácter de un individuo que se transmite a su descendencia (progenie) Marcador Molecular •Unsegmento de ADN con una ubicación física identificable en un cromosoma y cuya herencia se puede rastrear •Un marcador puede ser un gen, o puede ser alguna sección del ADN sin función conocida

MARCADOR MORFOLOGICO
Características morfológicas •Tamaño de la colonia •Forma y color de la colonia •Tiempo de crecimiento •etc.

Todos los tubos tienen la misma cepa de Mycobacterium tuberculosis?MARCADOR MOLECULAR
Desde el punto de vista genético son DIFERENTES

ATTCTTTCCCGAGGAC ATTCTTTGGCGAGGAC ATTCTTTGCTGAGGAC

MARCADORES MOLECULARES
ASPECTOS A CONSIDERAR PARA LA ELECCION DE UN MARCADOR

Fuentes del polimorfismo, tasa de mutación Artificios de la amplificación Detección e interpretación de bandas Ventajas, desventajas y aplicaciones Casos de estudio para cada uno de losmarcadores

POLIMORFISMO
•Un marcador molecular monomórfico es invariable en
todos los organimos estudiados

•Cuando presenta diferencias en el peso molecular,

actividad enzimática, estructura, o sitios de restricción, se dice que es polimórfico.
hipervariable.

•A veces el grado de variación es tal que se denominan

Tipos de DNA

ribosoma

DNA Mitocondrial

DNA CloroplasticoDiferencias entre
ADN nuclear

•Mitosis y Meiosis •Herencia codominante •Variación por mutaciones y
recombinación

ADN citoplasmatico (mitocondrial, cloroplastico)
 Mitosis  Herencia dominante  Variación por mutaciones

Características de Marcadores Genéticos
•Hereditarios •Neutrales
•No sujetos a selección •Polimorficos

EJEMPLOS DE MARCADORES MOLECULARES
RFLPs - restrictionfragment length polymorphism RAPD - random amplified polymorphic DNA SNPs - Single Nucleotide Polymorphism

AFLP - amplified fragment length polymorphism
SSCP - Single strand conformation polymorphism SSR - simple sequence repeats (microsatélites, minisatélites)

MICROSATELITES

Microsatélites o SSR
(Single Sequence Repeats)

•Secuencias de repeticiones cortas de nucleótidospresentes en el ADN
“DNA basura” •Permite diferenciar genéticamente individuos morfológicamente iguales

Microsatélites

CODIS (Combined DNA Index System)

http://www.fbi.gov/about-us/lab/codis

Análisis de datos genéticos

TGTATATATATAGG 1 2 3 4 5 rep.

pb

180 150 -

TGTATATATAGG 1 2 3 4 rep.

1 2 3 A 4

3

4

1

2

B

3

4

1

2

C

Alelo = Una de las formasalternativas de un gen (bandas) Heterocigoto (HE) = Individuo con un par de alelos diferentes Homocigoto (HO) = Individuo con un par de alelos iguales

Caracterización Genética
Amplificación DNA Sangre tejido PCR Microsatélites Extracción DNA nuclear

Genotipificación de los individuos

Captura de Datos

Secuenciador Automático

Imagen Electroforética
Banda = Alelo

SAMPLE CT-3CT-12 CT-19 EPB-01 132 132 149 155 172 172 EPB-02 132 132 155 159 172 172 EPB-03 140 140 147 153 172 174 EPB-04 126 132 155 155 172 174 EPB-05 132 134 155 157 172 172 BSQ-1 138 138 157 157 172 174 BSQ-2 138 138 147 147 172 174 BSQ-3 132 132 155 155 172 172 BSQ-4 132 132 147 153 172 172 LOL-01 132 134 149 149 170 172 LOL-02 130 136 151 151 170 170 LOL-03 132 134 147 163 170 170

Base de DatosMicrosatelites
•Neutral....
sin embargo, se han encontrado algunos microsatélites que están junto a genes codificantes •Presentan altas tasas de mutación •Altamente polimorficos •Rápido

RFLPs

RFLP
•Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción •Técnica desarrollada a finales de los 70 •Se basa en la detección de fragmentos de DNA de distinto peso molecular (por
digestión con...